Formation à La recherche documentaire

1ère année DES MG (TP de 2h)

Objectifs de la séance →Définir ses termes de recherche et les traduire en mots clés MeSH grâce à la terminologie du CISMEF →Trouver des références d’articles dans PubMed, outil de recherche d’information dans le domaine médical →Trouver des documents dont vous avez la référence en utilisant le site internet des bibliothèques →Trouver les thèses existantes sur son sujet de recherche dans le SUDOC →Savoir mettre en place une veille sur son sujet de recherche →Connaitre les possibilités offertes par les gestionnaires de référence bibliographique

CISMef : Pour traduire votre sujet de recherche en descripteurs MeSH

Le thésaurus MeSH (Medical Subject Headings)?

Le Thésaurus MeSH est un ensemble de termes ayant des relations associatives et hiérarchiques entre eux, et couvrant un domaine particulier, celui de la médecine). Il permet une plus grande efficacité de recherche, avec des mots clés fiables qui génèrent du sens. Réalisé par la NLM (National Library of Medicine), Il est exclusivement interrogeable en anglais. CISMef l’utilise pour permettre la traduction en français des termes.

Où trouver la base de données CISMef (Catalogue et Index des Sites Médicaux Francophones)?

Via Google, tapez « bibliothèques Paris 7», sélectionnez dans la rubrique CATALOGUES le lien « Bases de données ».

Puis, dans le champ Intitulé tapez « cismef » et lancez la recherche. Puis, cliquez sur la base de données proposée en bas de l’écran.

Sur CISMef, comment aller sur le Portail de Terminologie ?

Sur CISMef, vous positionnez sur l’onglet 5 modes de recherche et sélectionnez Terminologie.

Puis, respectez les 5 étapes suivantes :

1-Recherchez à partir d’un mot ou d’une partie de mot français. 2-Sélectionnez le mot clé MeSH pertinent 4 – Sélectionnez « seulement les principales » et « sans explosion ». 3 -Choisissez le qualificatif 5 –Recherchez dans la base CISMef, puis dans PubMed

Sélectionner, en bas de l’écran, « sans explosion » (« avec explosion » risque de donner trop de réponses, car la recherche s’effectue sur l’ensemble du thésaurus et des index).

Exercices 1 :

Pour chacun des sujets suivants, indiquez les descripteurs MeSH français et anglais (sous la forme descripteur/qualificatif)

- Traitement médicamenteux de l’asthme

- Effets indésirables des béta-bloqueurs

- Diagnostic de la polyarthrite rhumatoïde

- Complications de la maladie de Parkinson

- Usage thérapeutique des hypocholestérolémiants

Notez les descripteurs MeSH à utiliser pour votre sujet de recherche

Pour votre sujet de recherche, explorez les documents proposés par le catalogue CISMef et les résultats de la recherche dans PubMed. Quelles différences constatez-vous ?

PubMed : lancez une recherche avec chacun des mots clés MeSH que vous avez sélectionnés

Maintenant que vous avez sélectionné vos mots clés MeSH en anglais, rendez vous sur la base de données PubMed, toujours via « Bibliothèques Paris 7 ».

La recherche et les résultats sur PubMed sont toujours en anglais même si, in fine, les articles sont rédigés dans une autre langue.

Rendez vous directement sur la Advanced search, puis procédez méthodiquement pour croiser vos 2 mots clés « epidemiology », «alzheimer disease» en suivant le model ci dessous :

1 –D’abord, lancez une recherche pour chaque mot clé, un à un. 2 – Chacune de vos recherches apparaît alors dans Search History. Puis, pour faire une recherche croisée sur les 2 mots clés, faites un clic droit avec la sourie sur #1 puis sur AND (→« #1 » apparaît alors dans le champ Search Box, en haut). Puis, refaites la même démarche avec #2 .

Après avoir effectué une recherche croisée sur vos 2 mots clés (epidemiology et alzheimer disease), cela donne l’équation suivante : (#1) AND #2

Mais, le nombre de résultats obtenu est trop élevé (5800!).

Mais Le nombre de résultats étant trop élevé (5800), vous pouvez utiliser des limites.

Il est alors possible d’utiliser les limites (« Limits »), selon vos attentes (types de publication, langue, date de publication…). Par exemple, ici, les limites sont: « Clinical Trial », « English », « French », « Publication Date from 2006/01/01 to 2010/12/31 ». Les résultats tombent alors à 160 articles !

Sur l’écran où s’affiche les résultats, vous pouvez encore vous limiter aux « Review », c'est-à-dire aux synthèses effectuées à partir d’une revue sélective de la littérature. Avec notre exemple, nous passons alors de 160 résultats à 3 résultats !!!

Pour avoir la notice avec un résumé (abstract) et pouvoir éventuellement accéder au full text, cliquez sur le titre de l’article. Review : 3 résultats !!!

En cliquant sur le titre de l’article, vous pourrez généralement accéder directement au texte intégral (Full text) car la bibliothèque a souscrit des abonnements payant avec certains éditeurs. Cependant, pour certains articles, il vous faudra encore rechercher dans le catalogue de la bibliothèque, pour le trouver sous format papier.

Exercices 2 :

Sélectionnez les limites les plus pertinentes pour votre sujet de recherche

Recherchez un périodique dans le catalogue de la bibliothèque

Dans les résultats ci-dessus, reprenons le 1er article de la liste : Aspirin in Alzheimer's disease: increased risk of intracerebral hemorrhage: cause for concern?

Sur la 1ère ligne de la notice, vous avez toutes les informations qui vous permettrons de retrouvez l’article qui vous intéresse : Le nom de la revue (Stroke), sa date de parution (2010 Nov), son N° de volume (11), la 1ère page de l’article (2690), le nombre de pages suivantes de l’article (2), la 1ère parution en ligne de l’article (Epub 2010 Oct 7. Review).

Le lien vers le full text peut vous donner un accès direct au contenu de l’article, mais ce n’est pas toujours le cas.

Via Google, tapez « bibliothèques Paris 7 », sélectionnez dans la rubrique CATALOGUES le lien « Revues ». Dans le champ « Intitulé » tapez le nom de la revue (dans notre exemple : « Stroke ») et lancez la recherche. En bas de l’écran, 3 notices sont proposées:

Les 2 bandeaux blancs indiquent qu’il y a 2 bibliothèques abonnées à la revue papier Le bandeau gris, contrairement au bandeau rouge, indique que la bibliothèque n’est abonnée que partiellement à la revue en ligne.

Pour cette revue, un embargo sur les 6 derniers mois de parution ne permet pas son accessibilité directe sous format électronique. Il faut donc accéder à l’article sous sa forme papier. On trouve la revue Stroke soit à la bibliothèque Xavier Bichat, soit à la bibliothèque Villemin.

A Bichat, vous trouverez les quatre dernières années en libre accès dans la salle et les années antérieures en magasin, donc à demander via un bulletin à l’accueil.

A Villemin, vous trouverez l’année en cours dans la salle réservée au 2ème et 3ème cycle et les années antérieures en magasin, donc à demander via un bulletin à l’accueil.

Pour savoir comment sont classés les périodiques en libre accès, où comment rechercher un titre de revue (ou de périodique), adressez vous au personnel de l’accueil.

Exercices 3 :

Vérifiez la disponibilité en ligne ou dans les bibliothèques du SCD (Service commun de la documentation) des articles que vous avez sélectionnez.

Recherchez les thèses existantes sur votre sujet de recherche

Allez sur le SUDOC (Système Universitaire de DOCumentation), en accès libre sur internet. Cliquez sur « Recherche avancée », dans le bandeau du haut. Puis, suivez les 4 étapes décrites ci-dessous :

4 - Pour accéder aussi aux thèses électroniques, en texte intégrale, ajoutez une « Note de thèse » en saisissant « thèse », puis cochez « Ressources électroniques ». 2 -Combinez les mots clés avec l’opérateur « ET » 1 -Sélectionnez une recherche par « Mot sujet » et saisissez vos mots clés dans le champ correspondant 3 -Sélectionnez le type de publication « Thèses (version de soutenance) »

Puis : Thèse disponible sous forme papier dans la bibliothèque de soutenance et qu’il est possible de se procurer via le PEB (Prêt Entre Bibliothèque) ou en se déplaçant à la BIUSanté . Thèse électronique, directement accessible en texte intégral via le SUDOC.

Puis, pour localiser une thèse papier, cliquez sur :

Exercice 4 :

Cherchez les thèses pourtant sur votre sujet de recherche.

Organisez la veille sur votre sujet de recherche

Il est possible de mettre en place une veille sur une équation de recherche. Cela permet d’être tenu au courant par mail d’une nouvelle référence bibliographique correspondant au sujet sauvegardé.

Ouvrir un compte (gratuit) sur My NCBI :

Après avoir lancé une recherche, vous verrez apparaître l’option « save Search ».

Après avoir donné un nom à sa requête, choisir de recevoir par mail les nouvelles références sur le sujet (tous les jours, toutes les semaines ou tous les mois) :

Exercice 5 :

Créez-vous un compte sur My NCBI et enregistrez votre requête qui correspond à votre sujet de recherche.

Pour recevoir par mail le sommaire de revues sélectionnées, utiliser Amedeo, en libre accès sur internet. Son fonctionnement est simple.

Gérez vos références bibliographiques

Les logiciels de gestion de références bibliographiques sont des outils spécialisés permettant de gérer des fichiers de références bibliographiques issus du travail de recherche.

Zotéro, logiciel de gestion bibliographique personnelle, sert à collecter, gérer et citer les références des travaux de recherche. Cet outil permet d’ailleurs de créer directement vos bibliographies issues des références PubMed. Une formation à ce logiciel est prévue dans le cadre de votre cursus.

La BIUSanté organise aussi des formations pour vous permettre une meilleure maitrise de la recherche documentaire en médecine. Parmi toutes les formations proposées par cet établissement, vous en trouverez une consacrée à PubMed et une autre à Zotero.

http://www.bium.univ-paris5.fr/medecine/formations_calend2010.htm

Complément bibliographique - MOUILLET, Evelyne. La recherche bibliographique en médecine et santé publique : guide d’accès. Issy-les-Moulineaux : Elsevier Masson, 2e ed., 2010. Existe aussi sous version électronique remise à jour régulièrement : http://www.em-premium.com/ -REPERE : Ressources Electroniques Pour les Etudiants, la Recherche et l’Enseignement. Villeurbanne, ENSSIB, 6e éd., 2010. Disponible à l’adresse : http://repere.enssib.fr/Repere2010.pdf - Guide de recherche documentaire. Paris, SCD Paris 7, bibliothèque Bichat, 2011. Disponible à l’adresse : http://bibliotheque.univ-paris-diderot.fr/bibliotheque-de-l-ufr-de-medecine-27/services-53/aide-a-la-recherche-et.html